همراهی الگوی متیلاسیون جزیره CpG واقع در ناحیه پروموتر ژن CYLD و میزان بیان آن ژن در سرطان معده

Association of the methylation pattern of CpG island in promoter region of CYLD gene and its expression in gastric cancer


چاپ صفحه
پژوهان
صفحه نخست سامانه
مجری و همکاران
مجری و همکاران
دانلود
دانلود
علوم پزشکی بابل
علوم پزشکی بابل

اطلاعات کلی طرح
hide/show

کد رهگیری طرح 9440843
کد مصوب طرح 9440843
کد طرح در واحد ارائه دهنده 3066
شماره ثبت در دبیرخانه 6467
عنوان فارسی طرح همراهی الگوی متیلاسیون جزیره CpG واقع در ناحیه پروموتر ژن CYLD و میزان بیان آن ژن در سرطان معده
عنوان لاتین طرح Association of the methylation pattern of CpG island in promoter region of CYLD gene and its expression in gastric cancer
محل اجرای طرح مرکز تحقیقات امیرکلا
رسته مطالعاتی
سازمان مجری
تاریخ ارائه طرح 1394/07/15
تاریخ تصویب 1394/07/21
تاریخ شروع 1394/07/21
تاریخ خاتمه 1398/08/12
تاریخ خاتمه مصوب شورا 1398/02/17
وضعیت گردش کار خاتمه یافته

اطلاعات مجری و همکاران
hide/show

نام و نام‌خانوادگی سمت در طرح نوع همکاری درجه‌تحصیلی پست الکترونیک
الهام قدمیمجریمجری اولکارشناس ارشدelham.1990@yahoo.com
هاله اخوان نیاکیمجریمجری دومدکتری تخصصیhalehakhavan@yahoo.com
نوین نیک بخش ذاتیهمکار اصلیمشاور علمیدکتری فوق تخصص بالینیnovinsu@hotmail.com
حسن طاهریهمکار اصلیهمکار اصلیدکتری فوق تخصص بالینیhassantaheri1959@yahoo.com
شهریار شفاییهمکار اصلیهمکار اصلیدکتری تخصصی پزشکیsh_shafaei@yahoo.com
صادق فتاحیهمکار اصلیهمکاری در اجرای طرحدکتری تخصصیfattahi_pgs@yahoo.com
علی اکبر صمدانیهمکار اصلیهمکار اصلیدکتری تخصصیa_a_hormoz@yahoo.com
محجوبه جعفریهمکار اصلیهمکاری در اجرای طرح mahjobeh_jafari@yahoo.com
محدثه کوثری منفردهمکار اصلیهمکاری در اجرای طرح mohade3.kosary@gmail.com
فاطمه امجدی محبهمکار اصلیهمکاری در اجرای طرح raha69raha@gmail.com

[1])) آن کشنده تر است و تغییرات مولکولی دخیل در ایجاد آن نامشخص می باشد(8). سرطان معده در نتیجه تغییرات ژنتیکی و اپی ژنتیکی در اونکوژن ها، ژن های سرکوبگر تومور و ژن های ترمیم DNA ایجاد می شود(9). مکانیسم های اپی ژنتیک در ایجاد سرطان نقش قابل توجهی دارند10)). متیلاسیون DNA یکی از شناخته شده ترین مکانیسم های اپی ژنتیکی دخیل در سرطان است که طی این فرآیند یک گروه متیل به باز سیتوزین در جزایر CpG اضافه می شود،این عمل توسط آنزیم های DNMTs[2]انجام می گیرد(11). متیلاسیون DNA در جزایر CpG ناحیه پروموتری با تداخل در اتصال فاکتورهای رونویسی به پروموتر نقش مهمی در رونویسی و بیان ژن دارد(12). یک مکانیسم اساسی در ایجاد بسیاری از سرطان ها هایپرمتیلاسیون جزایر CpG ناحیه ی پروموتری ژن های سرکوبگر تومور می باشدکه در مراحل مختلفی از پیشرفت سرطان رخ می دهد که می تواند روی فرآیندهای مختلف از جمله چرخه سلولی، ترمیم DNA ، تعامل سلول با سلول ، آپوپتوز و رگزایی تأثیرگذار باشد(13).[3]CYLD یک ژن سرکوبگر تومور می باشد(14). این ژن در لوکوس 16q12-q13 واقع شده است و کدکننده آنزیمی است که عمل دیوبی کوئیتیناسیون را انجام می دهد(15). ارتباط این ژن باانواع سرطان ها از جمله گلیوم[4]، کارسینوم سلول بازال[5]، ملانوما، لوکمی T-Cell، کولون، کارسینومای هپاتوسلولار گزارش شده است16) ). CYLD بادیوبی کوئیتیناسیون DVL[6]، تنظیم کننده منفی Wnt signaling pathway می باشد(17). پروتئین سیتوپلاسمی DVL/DSH جز کلیدی در این مسیر سیگنالی است و همچنین با پروتئین Notch نیز تعامل دارد(18). WNT یکی از مسیرهای سیگنالی دخیل در ایجاد سرطان معده می باشد(19). CYLD تنظیم کننده منفی [7]NF-ҠB نیزمی باشد(15). NF-ҠB در بسیاری از تومورهای انسانی از جمله سرطان معده افزایش می یابد(16). شواهد اخیر نشان می دهد CYLD تنظیم کننده منفی JNK signaling نیز می باشد که نقش مهمی در بقای سلول دارد، محصول ژن CYLD در تعامل با مسیرهای سیگنالی مختلف نقش مهمی در محدود کردن التهاب و سرطان باتوجه به نوع بافت و سلول دارد(20). این یافته ها اثبات می کند CYLD یکی از تنظیم کننده های سیگنال های حیاتی سلول می باشد(21). با توجه به اینکه مکانیسم های دخیل در سرطان معده بطور کامل شناسایی نشده است اما اخیراَ هایپرمتیلاسیون ژن های سرکوبگر تومور که سبب خاموش سازی این ژن ها می شود به عنوان یک مکانیسم مهم در تومورزایی مطرح می باشد و شناسایی یک ژن جدید که اطلاعاتی را در زمینه مکانیسم های سرکوب مسیر تومورزایی فراهم کند امری ضروری است، در حال حاضر از متیلاسیون DNA به عنوان مارکر در تشخیص زودهنگام، پیش آگهی و پیش بینی پاسخ به درمان سرطان استفاده می شود(22). این مطالعه گامی در جهت انجام مطالعات وسیع تر در مورد شناخت اثر مکانیسم های مولکولی و اپی ژنتیکی سایر ژن های دخیل در سرطان معده و ژن های هدف CYLD خواهد بود. -------------------------------------------------------------------------------- [1] Diffuse-type gastric cancer [2] DNA methyltransferase enzymes [3] Cylindromatosis [4] gliomas [5] basal cell carcinoma [6] Dishevelled [7] Nuclear Factor Of Kappa Light Polypeptide Gene Enhancer In B-Cells فهرست کلی فصول هدف از اجراهدف کلی طرح: همراهی الگوی متیلاسیون جزیره CpG واقع در ناحیه پروموتر ژن CYLD و میزان بیان آن ژن در سرطان معده فرضیاتاهداف و فرضیات: # نوع هدف یافرضیه عنوان هدف یافرضیه 1 هدف اصلی همراهی الگوی متیلاسیون جزیره CpG واقع در ناحیه پروموتر ژن CYLD و میزان بیان آن ژن در سرطان معده 2 هدف فرعی تعیین میزان متیلاسیون پروموتر ژن CYLD در بافت تومور و حاشیه تومور 3 هدف فرعی تعیین میزان بیان ژن CYLD در بافت تومور و حاشیه تومور 4 هدف فرعی مقایسه میزان بیان ژن در دو جنس در بافت تومور و حاشیه تومور 5 هدف کاربردی شناخت بهتر اساس مولکولی ایجاد سرطان معده 6 فرضیه وضعیت متیلاسیون پروموتر ژنCYLD در سرطان معده تغییر می یابد 7 فرضیه میزان بیان ژن CYLD در سرطان معده تغییر می یابد 8 فرضیه وضعیت متیلاسیون پروموتر ژن CYLD در دوجنس متفاوت است 9 فرضیه میزان بیان ژن CYLD در دو جنس متفاوت است 10 سوال آیا وضعیت متیلاسیون پروموتر CYLD در سرطان معده تغییری نشان می دهد؟ 11 سوال آیا میزان بیان ژنCYLD در سرطان معده تغییری نشان می دهد؟ 12 سوال آیا الگوی متیلاسیون پروموتر ژن CYLD در دو جنس متفاوت است؟ 13 سوال آیا میزان بیان ژن CYLD در دو جنس متفاوت است؟ چه موسساتی می توانند از نتایج طرح استفاده نمایند ؟ در صورت ساخت دستگاه نظر صنعت و داوران کلمات کلیدی روش پژوهش وتکنیکهای اجراییخلاصه روش اجرا طرح: - نمونه گیری: به منظور تهیه بافت توموری سرطان معده و بافت حاشیه تومور ( بافت غیر توموری سرطان معده)، نمونه گیری از 30 فرد مبتلا به سرطان معده که تحت جراحی برداشتن معده قرار گرفتند و با کسب رضایت آگاهانه از آن ها انجام شد. نمونه های جمع آوری شده جهت تشخیص مرحله ی پیشروی تومور (3 یا Stage 2) و اطمینان از غیر توموری بودن بافت حاشیه تومور به پاتولوژی انتقال داده شد و صحت آنها مورد تایید قرار گرفت.بدین منظور، ابتدا لوازم جراحی مورد نیاز را تهیه نموده و جهت از بین بردن اثر آنزیم مخرب RNase که به فراوانی همه جا یافت می شود آن ها را به مدت 30 دقیقه در محلول DEPC قرارداده و سپس جهت از بین بردن سمیت این ماده لوازم جراحی را به مدت 3 ساعت در فور قرار می دهیم. پس از نمونه برداری، بافت را به ابعاد بسیار ریز برش داده و در cryotube قرار می دهیم و به داخل تانک ازت انتقال می دهیم و نمونه ها را در فریزر -80̊C نگهداری می کنیم. وضعیت بافت و درجه پیشرفت تومور با هماهنگی پزشک جراح از پرونده بیمار استخراج خواهد شد. - مراحل استخراج RNA از بافت: نمونه ها را از فریزر خارج نموده و 50-100mg از آن را برداشته و داخل ظرف هاون قرار داده و سپس روی آن ازت مایع می ریزیم که بدین ترتیب بافت فریز و خشک شده و بلافاصله آن را با هاون مخصوص خرد می کنیم. سپس توسط کیت trizol و طبق پروتکل آن RNA را استخراج می کنیم. کیفیت و کمیت RNA با استفاده از الکتروفورز و دستگاه nanodrop مشخص خواهد شد. cDNA سازی با استفاده از کیت Hot start DNA polymerase: 5λ از RNA استخراج شده را برداشته و توسط آنزیم Reverse transcriptase و پرایمرspecific به cDNA تبدیل می کنیم. Real Time PCR -: 5λ از cDNA را به همراه پرایمر و پروب Taqman داخل strip های مخصوص Real Time می ریزیم و توسط دستگاه Real Time PCR ABI 7300 میزان بیان ژن CYLD را بررسی می کنیم. از بررسی همزمان ژن خانه نگهدارGAPDH برای نرمالیزاسیون بیان نمونه های مختلف استفاده خواهد شد. - استخراج DNA: استخراجDNA به وسیله کیت Qiagen به این صورت انجام می شود که 25-50 mg از نمونه بافت را برداشته و توسط ازت مایع خرد می کنیم و طیق پروتکل کیت DNA را استخراج می کنیم. پروتئین زدایی از بافت بیشتر از طریق پروتئیناز K صورت می گیرد که در بافر لیز کننده وجود دارد،این آنزیم در حضور SDS در دمای 56-65 ̊C فعالیت دارد و تحت همین شرایط آنزیم های دیگری مثل DNAase دناتوره می شود. باقیمانده پروتئین و لیپید نیز به طور مؤثر با استفاده از فنل و کلروفرم از بین می رود، وجود EDTA در بافر استخراج سبب می شود کوانزیمهای DNAase با EDTA شلات شود و از تجزیه تصادفی DNA جلوگیری نماید. - بررسی میزان متیلاسیون پروموتر با استفاده از روش بی سولفیت : در این مر حله 20μl از DNA استخراج شده را توسط کیت متیلاسیون شرکت ZYMO RESEARCH تحت تیمار متا بی سولفیت قرار می دهیم، به طوری که پس از تیمار سیتوزین متیله بدون تغییر باقی می ماند در حالی که سیتوزین غیر متیله به اوراسیل تبدیل می شود،این تغییرات پس از PCR و سپس sequencing مورد آنالیز قرا می گیرد . دلایل ضرورت و توجیه انجام کار تعریف مسالهمقدمه و بیان مساله: سرطان معده ششمین سرطان شایع و چهارمین علت مرگ در اثر سرطان درجهان می باشد( .(1سالانه حدود 989600 مورد جدید و 738000 مرگ در اثر این سرطان در دنیا گزارش می شود(2). در ایران نیز سرطان معده دارای اهمیت بالایی می باشد(3). بالاترین میزان بروز این سرطان،در مناطق شمال و شمال غرب کشور (استان های مازندران، گلستان واردبیل) مشاهده می شود(4). میزان بروز سرطان معده در ایران و در مردان 26.1 و در زنان 11.1 در هر صد هزار نفر می باشد(5). از نظر بافت شناسی 90% از بیماران مبتلا به سرطان معده از نوع adenocarcinoma می باشند، آدنوکارسینوما از نظر پاتولوژی به 2 نوع Intestinal و Diffuse تقسیم می شود(6). اگرچه بروز نوع intestinal سرطان معده کاهش یافته است اما میزان بروز نوع Diffuse آن هنوز هم رو به افزایش می باشد(7). نوع منتشر DGC[1])) آن کشنده تر است و تغییرات مولکولی دخیل در ایجاد آن نامشخص می باشد(8). سرطان معده در نتیجه تغییرات ژنتیکی و اپی ژنتیکی در اونکوژن ها، ژن های سرکوبگر تومور و ژن های ترمیم DNA ایجاد می شود(9). مکانیسم های اپی ژنتیک در ایجاد سرطان نقش قابل توجهی دارند10)). متیلاسیون DNA یکی از شناخته شده ترین مکانیسم های اپی ژنتیکی دخیل در سرطان است که طی این فرآیند یک گروه متیل به باز سیتوزین در جزایر CpG اضافه می شود،این عمل توسط آنزیم های DNMTs[2]انجام می گیرد(11). متیلاسیون DNA در جزایر CpG ناحیه پروموتری با تداخل در اتصال فاکتورهای رونویسی به پروموتر نقش مهمی در رونویسی و بیان ژن دارد(12). یک مکانیسم اساسی در ایجاد بسیاری از سرطان ها هایپرمتیلاسیون جزایر CpG ناحیه ی پروموتری ژن های سرکوبگر تومور می باشدکه در مراحل مختلفی از پیشرفت سرطان رخ می دهد که می تواند روی فرآیندهای مختلف از جمله چرخه سلولی، ترمیم DNA ، تعامل سلول با سلول ، آپوپتوز و رگزایی تأثیرگذار باشد(13).[3]CYLD یک ژن سرکوبگر تومور می باشد(14). این ژن در لوکوس 16q12-q13 واقع شده است و کدکننده آنزیمی است که عمل دیوبی کوئیتیناسیون را انجام می دهد(15). ارتباط این ژن باانواع سرطان ها از جمله گلیوم[4]، کارسینوم سلول بازال[5]، ملانوما، لوکمی T-Cell، کولون، کارسینومای هپاتوسلولار گزارش شده است16) ). CYLD بادیوبی کوئیتیناسیون DVL[6]، تنظیم کننده منفی Wnt signaling pathway می باشد(17). پروتئین سیتوپلاسمی DVL/DSH جز کلیدی در این مسیر سیگنالی است و همچنین با پروتئین Notch نیز تعامل دارد(18). WNT یکی از مسیرهای سیگنالی دخیل در ایجاد سرطان معده می باشد(19). CYLD تنظیم کننده منفی [7]NF-ҠB نیزمی باشد(15). NF-ҠB در بسیاری از تومورهای انسانی از جمله سرطان معده افزایش می یابد(16). شواهد اخیر نشان می دهد CYLD تنظیم کننده منفی JNK signaling نیز می باشد که نقش مهمی در بقای سلول دارد، محصول ژن CYLD در تعامل با مسیرهای سیگنالی مختلف نقش مهمی در محدود کردن التهاب و سرطان باتوجه به نوع بافت و سلول دارد(20). این یافته ها اثبات می کند CYLD یکی از تنظیم کننده های سیگنال های حیاتی سلول می باشد(21). با توجه به اینکه مکانیسم های دخیل در سرطان معده بطور کامل شناسایی نشده است اما اخیراَ هایپرمتیلاسیون ژن های سرکوبگر تومور که سبب خاموش سازی این ژن ها می شود به عنوان یک مکانیسم مهم در تومورزایی مطرح می باشد و شناسایی یک ژن جدید که اطلاعاتی را در زمینه مکانیسم های سرکوب مسیر تومورزایی فراهم کند امری ضروری است، در حال حاضر از متیلاسیون DNA به عنوان مارکر در تشخیص زودهنگام، پیش آگهی و پیش بینی پاسخ به درمان سرطان استفاده می شود(22). این مطالعه گامی در جهت انجام مطالعات وسیع تر در مورد شناخت اثر مکانیسم های مولکولی و اپی ژنتیکی سایر ژن های دخیل در سرطان معده و ژن های هدف CYLD خواهد بود. -------------------------------------------------------------------------------- [1] Diffuse-type gastric cancer [2] DNA methyltransferase enzymes [3] Cylindromatosis [4] gliomas [5] basal cell carcinoma [6] Dishevelled [7] Nuclear Factor Of Kappa Light Polypeptide Gene Enhancer In B-Cells فهرست منابع و مراجع علمی داخلی فهرست منابع و مراجع علمی خارجیمنابع و ماخذ: # عنوان منبع و ماخذ 1 R. Brown W, J. Ahnen D. The international health care burden of cancers of the gastrointestinal tract and liver: Cancer Research Frontiers. 2015; 1(1): 1-9. 2 Al Saghier A, Kabanja J.H, Afreen S, Sagar M. Gastric Cancer: Environmental Risk Factors, Treatment and Prevention: J Carcinogene Mutagene.2013; S14. 3 Enayatrad M, Salehiniya H. Trends in Gastric Cancer Incidence in Iran: J Mazandaran Univ Med Sci 2014; 24(114): 8-16. 4 Malekzadeh R, Derakhshan MH, Malekzadeh Z. Gastric cancer in Iran: epidemiology and risk factors: Arch Iran Med. 2009;12(6):576-83. 5 Biglarian A,Hajizadeh E,Kazemnejad A, Zali M. Survival analysis of gastric cancer patients using Cox model: a five year study.Tehran Univ Med J. 2009; 67 (5) :317-325. 6 6 Tepes B. Can gastric cancer be prevented?. J Physiol Pharmacol. 2009;60 Suppl 7:71-7. 7 Lee YS, Cho YS, Lee GK, Lee S, Kim YW, Jho S,et al. Genomic profile analysis of diffuse-type gastric cancers. Genome Biol. 2014;15(4):R55. 8 Yamashita K, Park HL, Kim MS, Osada M, Tokumaru Y, Inoue H,et al. PGP9.5 methylation in diffuse-type gastric cancer. Cancer Res. 2006;66(7):3921-7. 9 Samadani A, Niaki H A. Interaction of sonic hedgehog(SHH) pathway with cancer stem cell genes in gastric cancer: Med Oncol. 2015;32-48. 10 Calcagno DQ, Gigek CO, Chen ES, Burbano RR, Smith Mde A. DNA and histone methylation in gastric carcinogenesis: World J Gastroenterol. 2013;19(8):1182-92. 11 Sinčić N, Herceg Z. DNA methylation and cancer: ghosts and angels above the genes: Curr Opin Oncol. 2011;23(1):69-76. 12 Ono A, Kisu I, Banno K, Yanokura M, Masuda K, Kobayashi Y,et al. Epigenetic Aberrant Hypermethylation of DNA in Endometrial Cancer: Application as a Biomarker: JCT. 2011;2: 610-615. 13 Ziogas D, Roukos D. Epigenetics in gastric cancer: challenges for clinical implications: Ann Surg Oncol. 2009;16(7):2077-8. 14 Hellerbrand C, Bumes E, Bataille F, Dietmaier W, Massoumi R, Bosserhoff AK. Reduced expression of CYLD in human colon and hepatocellular carcinomas: Carcinogenesis. 2007;28(1):21-7. 15 Wu JW, Xiao SX, Huo J, An JG, Ren JW. A novel frameshift mutation in the cylindromatosis (CYLD) gene in a Chinese family with multiple familial trichoepithelioma.: Arch Dermatol Res. 2014;306(9):857-60. 16 Xia JT, Chen LZ, Jian WH, Wang KB, Yang YZ, He WL,et al. MicroRNA-362 induces cell proliferation and apoptosis resistance in gastric cancer by activation of NF-κB signaling: J Transl Med. 2014;12:33. 17 Tauriello DV, Haegebarth A, Kuper I, Edelmann MJ, Henraat M, Canninga-van Dijk MR,et al. Loss of the tumor suppressor CYLD enhances Wnt/beta-catenin signaling through K63-linked ubiquitination of Dvl: Mol Cell. 2010;37(5):607-19. 18 González-Sancho JM, Brennan KR, Castelo-Soccio LA, Brown AM. Wnt proteins induce dishevelled phosphorylation via an LRP5/6- independent mechanism, irrespective of their ability to stabilize beta-catenin: Mol Cell Biol. 2004;24(11):4757-68. 19 Mao J, Fan S, Ma W, Fan P, Wang B, Zhang J.et al. Roles of Wnt/β-catenin signaling in the gastric cancer stem cells proliferation and salinomycin treatment: Cell Death Dis. 2014;5:e1039. 20 Massoumi R. Ubiquitin chain cleavage: CYLD at work: Trends Biochem Sci. 2010;35(7):392-9. 21 Reiley W, Zhang M, Sun SC. Negative regulation of JNK signaling by the tumor suppressor CYLD: J Biol Chem. 2004; 279(53): 55161-7. 22 Leung C.M, Tsai K.W, Pan H.W. DNA Methylation in Aggressive Gastric Carcinoma: Overview.2013;223-242. 23 Hayashi M, Jono H, Shinriki S, Nakamura T, Guo J, Sueta A. Clinical significance of CYLD downregulation in breast cancer: Breast Cancer Res Treat. 2014;143(3):447-57. 24 Kinoshita H, Okabe H, Beppu T, Chikamoto A, Hayashi H, Imai K,et al. CYLD downregulation is correlated with tumor development in patients with hepatocellular carcinoma. Mol Clin Oncol. 2013;1(2):309-314. 25 Hellerbrand C, Bumes E, Bataille F, Dietmaier W, Massoumi R, Bosserhoff AK. Reduced expression of CYLD in human colon and hepatocellular carcinomas. Carcinogenesis. 2007;28(1):21-7. 26 Deng LL, Shao YX, Lv HF, Deng HB, Lv FZ. Over-expressing CYLD augments antitumor activity of TRAIL by inhibiting the NF-κB survival signaling in lung cancer cells. Neoplasma. 2012;59(1):18-29. 27 Urbanik T, Köhler BC, Boger RJ, Wörns MA, Heeger S, Otto G,et al. Down-regulation of CYLD as a trigger for NF-κB activation and a mechanism of apoptotic resistance in hepatocellular carcinoma cells. Int J Oncol. 2011;38(1):121-31. 28 Fukuda M, Fukuda F, Horiuchi Y, Oku Y, Suzuki S, Kusama K. Expression of CYLD, NF-kappaB and NF-kappaB-related factors in salivary gland tumors. In Vivo. 2006;20(4):467-72. 29 Massoumi R, Kuphal S, Hellerbrand C, Haas B, Wild P, Spruss T. Down-regulation of CYLD expression by Snail promotes tumor progression in malignant melanoma. J Exp Med. 2009;206(1):221-32. خلاصه نتیجه اجرای طرح سابقه علمی طرح و پژوهشهای انجام شده با ذکر مأخذ به ویژه در ایران خلاصه طرح طبق اهداف پیش بینی شده WhatRequirementsAreMet ملاحظات گروه ملاحظات ناظر HomeAddress WorkPlace aAbstract مهمانان جلسه دستور جلسه آینده دستور جلسه چکیده پایان نامه خلاصه

-->

پیوست ها
hide/show

نام فایل تاریخ درج فایل اندازه فایل دانلود
3066.htm1394/08/09131153دانلود